金瓶掣签制度制定以后，从1793年开始，就分别在雍和宫和拉萨用金瓶掣签的办法确定呼图克图的转世。对达赖喇嘛和班禅额尔德尼两大活佛转世系统，清朝也坚持实行金瓶掣签的制度，不过也有免于掣签的特例。1795年，乾隆皇帝退位作了太上皇。乾隆帝退位后，接受了出家戒和比丘戒，派人专程给西藏送来他自己穿着僧装的画像。1798年，八世达赖喇嘛在布达拉宫三界殊胜寝殿内特设殿堂供奉乾隆皇帝的肖像。《八世达赖喇嘛传》记载说：“文殊大皇帝为了西藏人民的幸福，赏赐他自己的比丘持金刚装束的肖像，作为汉藏人民敬拜的对象。达赖喇嘛决定修建精舍供养。他指示：‘大皇帝乃诸佛之严父，至尊文殊菩萨化现的人主，为天神等众生的供拜对象。大皇帝慈爱雪域众生，护佑黄教。仰仗大皇帝之慈恩，宏扬宗喀巴大师之圣教，我等需圆满地供养圣像’。该精舍由噶伦夏扎巴和孜强佐格桑曲扎负责修建。精舍建在三界殊胜殿的中央，顶部用杨木制成，金质屋脊宝瓶，装饰极为华丽，纯金座，以窗棂隔断，内挂锦缎围幔，圣像前摆放着各种供品可以翻墙上Google邮箱吗。像前方的阶梯上供放着金器、银器和羊脂玉、水晶石制成的各种器具，富丽堂皇。殿内陈放五种供品”。在七世达赖喇嘛时期，康熙皇帝的牌位也供在此殿中。由于金瓶掣签是乾隆皇帝全力主张制定的，所以在清代决定达赖喇嘛和班禅额尔德尼转世灵童的几次重要的金瓶掣签，都是在这里的乾隆皇帝画像和康熙皇帝的万岁牌位前举行的。

　　嘉庆九年(1804年)十月二十日八世达赖喇嘛圆寂，首次出现以金瓶掣签决定达赖喇嘛的转世问题。三年以后，摄政济咙呼图克图向驻藏大臣玉宁、文弼报告，在各地所报的灵异幼童中，以德格地方出生的春科土司的儿子最为灵异，全藏僧俗一致信服，认为是五世达赖喇嘛的再生，请求免于掣签认定为达赖喇嘛的转世。玉宁、文弼接报后与七世班禅、济咙呼图克图、第穆呼图克图及噶伦、代本等官员前往蔡公堂寺验看，数万僧俗向驻藏大臣一致恳请，并由僧俗官员集会写出禀帖，于是玉宁、文弼向嘉庆皇帝奏报验看灵童情形，并转奏七世班禅、济咙呼图克图领衔的请求将德格出生的灵童免于掣签作为达赖喇嘛的呼毕勒罕的奏折。此时嘉庆皇帝考虑不周，作为特例批准了驻藏大臣转奏西藏僧俗的请求，于是九世达赖喇嘛未经掣签得到认定，并在嘉庆十三年九月二十二日在布达拉宫坐床。第二天，为感谢皇帝特准免于掣签之恩，达赖喇嘛及摄政、经师、各大呼图克图等在布达拉宫萨松南杰殿供奉的乾隆皇帝御像和“当今皇帝万岁”牌前陈列供品，诵经祈愿大皇帝万寿无疆。